关于氨的毒性，以前常以总氨(NH3+NH4+)的浓度表示，然而在pH值等水质条件不同时，即使总氨量一样，毒性也可能相差很大，而用分子氨浓度表示毒性，就更为确切。养殖水域离子氨允许的浓度为每升5mg氮，而分子氨在每升0.2～1mg氮浓度时,就对大多鱼类产生危害。

养殖水域分子氨浓度允许的值仅为每升0.1mg氮。渗进生物体内的分子氨(NH3)，将血液血红蛋白分子的Fe2+氧成为Fe3+,降低血液的载氧能力，使呼吸机能下降。氨主要是侵袭粘膜，特别是鱼鳃表皮和肠粘膜，其次是神经系统，使鱼类等水生动物的肝肾系统遭受破坏;引起体表及内脏充血，严重的发生肝昏迷以致死亡。即使是低浓度的氨，长期接触也会损害鳃组织，出现鳃小片弯曲、粘连或现象。

亚硝酸盐及其毒性

亚硝酸盐是硝反应不能完全进行的间产物，水体溶氧缺乏，水性偏酸，加重了亚硝酸盐的毒性。此外在秋冬季节，池塘水温的突然变，也会阻碍硝的作用，使亚硝酸盐的浓度增。亚硝酸盐的作用机理主要是通过生物的呼吸，由鳃丝进入血液，与血红蛋白结合形成铁血红蛋白。血红蛋白的主要功能是运输氧气，而铁血红蛋白不具备这种功能，从而导致养殖生物缺氧，甚窒息死亡。一般情况下,当水体亚硝酸盐浓度达到0.1mg/l,就会对养殖生物产生危害。

硝酸盐氮及其危害

一般认为硝酸盐对水生动物没有不良影响，其实在水体硝酸盐的浓度较(60mg/l)、时间较长时，也有一定的危害。较浓度的硝酸态氮，如果不能及时被微生物或植物吸收转为其它形式带走，一直会处于三态氮的动态循环，一旦水体溶氧不足，随时都会转入反硝过程，又以氨氮、亚硝酸盐的形式危害水生动物。温室大棚缺乏光照的育苗与养殖水体，排污换水不及时氨氮不易脱离出水体，诱发出种种病害，致使太多的养殖与育苗生产不成功或失败。如在20世纪90年代我国的养鳗、养鳖及部分虾蟹育苗产业大起大落，长期难以摆脱困境，与水体有机物质转不畅、自然生境模仿不成功等因素有直接的关系。